Его история начинается в 1660 году, когда по указу царя Алексея Михайловича иеромонахом Тихоном на правом берегу реки Нижняя Тунгуска, у ее устья, был заложен Туруханский Свято-Троицкий монастырь.
В 1662 году царем Алексеем Михайловичем Туруханскому Свято-Троицкому монастырю были пожертвованы первые земли. Монастырь неоднократно расширял свои владения и к 30-м годам 18 века стал играть значительную роль в экономическом освоении Приенисейского края. Во владении монастыря были богатые земли, заимки на промыслах, на реках ставились мельницы, имелись свои солевые прииски.
Из Мангазеи в монастырь был вывезен один из знаменитых полымских колоколов.
Главной святыней Свято-Троицкого монастыря стали нетленные мощи святого мученика Василия Мангазейского Чудотворца, перенесенные сюда в 1670 году стараниями иеромонаха Тихона. Святые мощи и ныне находятся в монастыре.
В 1778 году была заложена церковь Святой Троицы с Благовещенским пределом. К 1801 году артелью енисейских каменных дел мастеров были выстроены объемы главного и предельного храмов, а к 1806 достроены верхние ярусы уникальной в своем роде, колокольни.
Этот образец творчества мастеров енисейской школы сибирского барокко – самое северное в Сибири каменное сооружение 18 века с уникальным планировочным решением и своеобразным декоративным убранством.
Каменная церковь Святой Троицы принадлежит к числу памятников зодчества Сибири конца 18 века. По сохранившемуся древнему описанию: «Двухпристольная церковь, устроенная на возвышенном береге правой стороны Енисея, внешним внутренним ея Благолепием заслуживает внимания»; «Восемь крестов на церкви выложены золотом одинарным, а железо на крыше выкрашено под зеленый цвет малахитом».
За годы советской власти Свято-Троицкий монастырь понес значительные потери и утраты, в том числе потерял и свой первозданный облик, стоял на краю полной гибели и, если бы не был воздвигнут из камня, погиб бы.
В 1991 году обитель возвращена Русской православной церкви.
Ныне – возрождающийся и действующий монастырь, объект паломничества православных (и не только из России) приезжающих приложиться к святым мощам мученика Василия Мангазейского Чудотворца. Здесь же хранится фрагмент старинной плиты с надгробья иеромонаха Тихона – основателя и строителя, захороненного на территории Свято-Троицкого монастыря.